（一）经典扎根理论
扎根理论采取了一种既不同于假设检验也不同于民族志的材料处理方法，它挑战了以下固有的方法论认识：理论研究与经验研究是二分的；资料搜集与资料分析是两个独立步骤；质性研究方法是印象主义式的，是非系统的；质性研究是量化研究的探索性先导；质性研究只能提供描述性的个案，无法得到普遍化的理论（Charmaz，1995）。在格拉泽与斯特劳斯的笔下，扎根理论研究的过程和规则大致如下：
第一，无需太多研究准备，也无需专门的文献回顾。研究者可以有大致的研究主题，但切忌带有预先设定的具体研究问题。在这一点上，扎根理论与其他方法论是迥异的。
第二，在搜集经验材料时主要使用深度访谈法和参与观察法，但材料并不仅限于质性的，量化材料与质性材料有着同等地位。选取研究对象时不需要遵循随机原则，而要运用理论抽样（theoretical sampling）。不能像统计学那样追求研究对象的“独立性”，反而要围绕着研究对象间的联系和异同进行持续比较，以此发现理论元素。
第三，对以访谈记录为主的经验材料进行编码。编码包含两个步骤：实质编码（substantive coding）和理论编码（theoretical coding），其中实质编码又包括开放编码（open coding）和选择编码（selective coding）两个子步骤。
第四，在扎根理论的全部研究过程中，要持续撰写备忘（memo）。备忘记录了研究者自己在研究过程中的各种想法，是研究者对自身理论意识流的即时记录，不用计较语法和拼写。不断积累、修改和整理备忘，对编码进行分类整合，梳理理论逻辑，写作框架逐渐成型。
（二）程序化扎根理论
在这个程序化版本的扎根理论中，编码分为开放编码、主轴编码（axial coding）和选择编码三个步骤，并增加了“维度化”“典范模型”“条件矩阵”等新工具，进一步明确了扎根理论的分析步骤和分析技术，试图借此消除新手研究者在资料分析过程中常遇到的茫然感。斯特劳斯和科宾努力为质性研究创造出一套可以与量化研究匹敌的严谨的研究程序，这一做法深深吸引了广大从事质性研究的社会科学工作者。正因为这个原因，在各个版本的扎根理论中，这套程序化的扎根理论目前得到了最为广泛的认可和应用（费小冬，2008）。
（三）建构主义扎根理论
20世纪的最后30年是后现代主义思潮涌动的时代，扎根理论也受其影响，它的另一个版本“建构主义扎根理论”便应运而生。尽管建构主义扎根理论的倡导者凯西·卡麦兹（Kathy Charmaz）是格拉泽和斯特劳斯的学生，但她并没有继承二人对于扎根理论的“发现”主张，而提出要用“21世纪的方法论棱镜”来重新检验与发展扎根理论（卡麦兹，2009：II）。在她看来，格拉泽、斯特劳斯与科宾皆属实证主义方法论阵营，他们都试图通过研究来揭示世界的真相，但从建构主义的立场来看，“任何理论形式提供的都是对被研究世界的一种解释性图像，而不是世界实际的面貌”（卡麦兹，2009：13）。方法论立场的转变进而会影响研究程序，卡麦兹认为，程序化扎根理论那种事无巨细的编码过程极大地压制了研究者的创造力，而研究者必须学会容忍模糊（Charmaz，2008），质性研究需要一种流动的框架（fluid framework）。基于这种立场，卡麦兹着手对扎根理论进行了建构主义的重构。